Lafere è esattamente come hai detto: un upgrade trasforma lo scafo base in quello che vuoi. Eventuali successivi upgrade (intesi come armi nuove, magari un nuovo generatore ecc) andranno assicurati in modo aggiuntivo altrimenti se abbattuto ti tornerà solo la nave upgradadata senza i pezzi aggiuntivi.
Se hai una 300i, in pratica, la potrai "equipaggiare" per renderla come una 315p ma poi, se vieni abbattuto, ti tornerà una 300i. Se invece usi l'upgrade o assicuri ogni singolo pezzo, oltre alla nave, allora ti tornerà la nave base oltra a tutti i pezzi assicurati, ma chiaramente se è la 315 che vuoi allora meglio l'upgrade secondo me ^^